запускаю обработку в базе приемнике, для обработки данных, есть подключение к базе источнику через com, возможно ли подключиться к базе источник через com и зарегистрировать там в плане обмена нужные мне данные, если возможно то можно пример

(0) примерно следующее понятие...
через ком  находите нужный план обмена, в этот план обмена через ком находите нужный объект, и этот объект регистрируете как в обычной конфигурации., проблема скорее всего связана с тем что вы объект для регистрации определили не правильно.

(1) нет, проблема в следующем, есть база1 и база2, моя обработка выполняет некоторый алгоритм в базе2, но нужно сделать так, чтобы обработка в базе2 подключилась через com к базе1 и сделала отбор данных в базе1 и зарегила в плане обмена базы1 эти данные, вопрос у меня заключается как в базе 1с через com зарегистрировать данные, т.е. как просто в базе регистрировать данные я знаю, как подключаться через com знаю, как получить сам план обмена, вот чета не соображу

(2) регистрация объектов к обмену выполняется процедурой с параметром в виде ссылки на объект или с массивом ссылок.
Это процедура доступна в глобальном контексте (нужно перезапустить конфигуратор и глянуть в СП)