Типовая УТ11.
РН Товары на складах. Вид регистра - остатки.

Запрос к вирт таблице остатки с отбором по номенклатуре и складу показывает пусто.
Запрос к остаткам и оборотам показывает конечный остаток -1шт (по факту в самом регистре и есть 1 запись с расходом).

Как такое может быть ?

Пересчитайте итоги по данному регистру

(1) РегистрыНакопления.ТоварыНаСкладах.ПересчитатьТекущиеИтоги();
не помогло