РИБом приходит отчёт о розничных в основную базу Розницы (условно 45 товаров с суммой 30000), выгружаем документ в УТ приходит 32 товара с суммой 18000.
Иногда и товары не совпадают, то есть выгружаются не те, которые в рознице. Из-за чего происходит такое расхождение?

Рибом в розницу все правильно приходит?
Тогда смотреть правила обмена с УТ

(1) в Розницу из узла верно выгружается.
в УТ пробовал удалять табличную часть, заново грузить, удалять документ и вновь обменивать - результат один и тот же

(1) и ошибка не повторяющаяся, из ста документов 2-3 "бракованных"

Остальные товары случайно ни в какие другие документы не улетают (в частности, в реализации)? Такое может быть, к примеру, если в Рознице была указана "оплата в рассрочку" (в кредит).

Если память не подводит, вроде в последний релизах обмен переделали и теперь товар берется не из документа ОРП, а из чеков и прочего. Смотрите правила обмена УТ-РТ

(4) проверил, вроде бы никуда не улетает

(5) в правилах написано, что из Розницы из Отчёта товары грузятся в Отчёт, а услуги в Реализацию товаров.
в моём случае только Товары, поэтому всё должно грузиться в ОРП.