1. Производим свёртку на конец 2017 года:
http://prntscr.com/pwad0l

2. БП 2.0.66.71, серверная:
http://prntscr.com/pwadds

3. Сворачиваем ТОЛЬКО Документы РеализацияТоваровУслуг и ПоступлениеТоваровУслуг.
http://prntscr.com/pwahjz

4. Обработка не удаляет док-ты, потому что есть движения по регистрам. Т.е. идентично на всем этапе для каждого документа без исключений, могу загрузить .тхт файл с результатом.
http://prntscr.com/pwamgs
Ошибка "Есть движения по регистрам, удаление отменено"

5. Документы после обработки.
Соответственно, документы не свернулись.
http://prntscr.com/pwapb2

Изменений в конфигурации, влияющих на движение сворачиваемых документов, нет.
Тестирование в режиме конфигуратора проведено успешно.
Что ещё посмотреть?

(0) А СФ?

(0) Что означает "Сворачиваем ТОЛЬКО Документы РеализацияТоваровУслуг и ПоступлениеТоваровУслуг"?
Как это возможно? Тем более в бухгалтерии, где есть гадость под названием "двойная запись"? Или по этим отгрузкам не было оплат, не выписывались счета-фактуры, счета, не формировались книги покупок и продаж? А если вёлся партионный учёт ТМЦ, или сложный учёт НДС, то эта ваша формулировка вообще кажется какой-то фантастикой.

Ну и традиционно вставлю 5 копеек.
Свёртка - в 99% случаев идиотское, бесполезное и трудозатратное занятие, крадущее время, силы и деньги предприятия. И только 1% (если не меньше) - реально обоснованная необходимость.

Неправильно.Сначала для чего?

(2) Такая выборочная свёртка проводилась для эксперимента.
Полноценная свёртка проходит с тем же результатом и той же ошибкой.
Проводится свёртка с надеждой, что это ускорит работу базы.

Размер базы?

(4) >> Проводится свёртка с надеждой, что это ускорит работу базы.

Глупость несусветная.
Это работало полтора десятка лет назад на клюшках (1С 7.7).
Снеговик (1С 8) так не работает. Точнее - иногда это может дать какой-то эффект, но очень незначительный и недолгий. Ну или в каких-то "особенных" случаях. Например, вы торгуете уникальной номенклатурой в безумных количествах - миллионы записей в справочнике и соответственно в регистрах. Или с безумным количеством одноразовых контрагентов. При таких вариантах имеет смысл сворачивать старые периоды. И это может дать какие-то выгоды.
Иногда ещё сворачивают данные ради подготовки к каким-либо последующим операциям - слияние или разделение баз, конвертации или выгрузки в другие источники, последующая глобальная реструктуризация, связанная с изменением методики ведения учёта - на более детальный или наоборот - более укрупнённый.
А в обычной среднестатистической организации сворачивать ради ускорения работы - чушь и бред. Тем более, что после свёртки останется огромное количество совершенно неудаляемых хвостов. Каждая свёртка (если их делается несколько) увеличивает масштаб бедствия. Да и год выбран очень странный - 2017-й. Бухгалтера соответствующую графу баланса в отчетности вручную заполнять будут?

(6) Тогда не буду сворачивать, попробую сменить сервер.

(7) Апргрейд железа для ускорения имеет смысл только тогда, когда проблема и узкие места уже выявлены и точно известны, а соответственно есть четкая ясность в вопросе - что именно требует апгрейда и какое именно необходимо железа для конкретно вашей базы в конкретно ваших условиях.

Вообще какой-то странный подход. Буду делать всё что угодно лишь бы не выяснять причину проблемы.

(0) Условно: документ делает движение по регистрам бухгалтерским и регистру сведений.
Вы при свертке указали свернуть только бух.регистр и документ.
При пометке на удаление считываются движения документа, обработка свертки видит движения по регистру сведений и не помечает на удаление документ, оставляет его без движений по бух.учету, только по регистру сведений.

В вашем случае вы АБСОЛЮТНО ничего не сворачиваете, удалятся только непроведенные документы или без движений. Как в вашем понимании должны быть созданы документы корректировки записей регистров? Все обороты заново продублировать?