Справочник "Номенклатура", реквизит единица измерения (ЕИ).

В базе источник: ЕИ - хранится в справочнике БазовыеЕдиницыИзмерения (не имеющий владельцев)
В базе приемник: ЕИ - хранится в справочнике ЕдиницыИзмерения, который подчинен справочнику "Номенклатура"

Данные переношу через "Конвертация данных 2.1".
Можно ли через "Конвертация данных 2.1" перекинуть эту информацию, либо нужно после выгрузки всего чего можно написать дополнительную обработку для переноса этих (и каких либо еще) данных?

Можно конвертацией.
И, если не ошибаюсь, это даже в книжке есть.
А если в книжке нет, то в типовых правилах есть точно.

в типовых правилах БП 2.0 — УТ 10.3?

в принципе ничего сложного
пишешь ПВД по выгрузке базовых единиц измерения: ссылка, единица измерения
пишешь ПКО:
ссылка — владелец
базовая ед — базовая ед
наименование - наименование
и т.п.

В УТ 10 есть базовая единица по классификатору,а обычные единицы создаются на его основе.
справочник КлассификаторЕдиниц

наймите меня на эту задачу.
Не дорого.

(5) пока интересно попытаться понять механизм конвертации. прижмет - спишемся, если вы серьезно)