Я хочу используя механизм стандартной рассылки (расписание запуска,механизм формирования отчета остатки, и тело письма) но отсылать их не на список адресов а на заданный FTP
КАк это можно сделать с наименьшим геморроем ?

Я пока только вижу решение  :
задать определенный адрес типа FTP@FTP.RU
в модуле процедуры ОтправитьОтчетыПолучателю его перехватить  и выполнить отправку на ФТП

(0) В дереве конфигурации, в строке поиска, набери FTP, подумай -)