Такая картина.
Реализация N рублей + счет-фактура
Корректировка (-к) рублей + счет-фактура.
Оплата N рублей

Всё последовательно.

Запускаем помощник учёта НДС и пытаемся формировать счета-фактуры на аванс. И эта ... конфигурация не видит сч-ф на корректировку. Из-за этого встаёт некорректная ставка НДС.

Это вообще нормально? Так и должно быть?

(0) поробуй вопрос переформулировать
истерики [Это вообще нормально?] для бухгалтерии =)

(1) А как нормально? Я в ЕРП первый день копаюсь )))
Смысл в том, что в реализации НДС 10%, а если расчёт авансов не видит счет-фактуру на корректировку, то он ставит ставку по умолчанию 20%.

Просто не хочется лезть в типовой код, вылезет ещё где-нибудь...

(2)[Я в ЕРП первый день копаюсь]
начни с простого, разберись как авансы закрываются, в каком регисте живут и с какой аналитикой

(3) Некогда пилу точить, пилить надо... )))
Просто вопрос - должны учитываться счета-фактуры на корректировку при выставлении сч-ф на авнас, или нет?