Был возврат товара, ввели приходный ордер, в нём не заполнили правильно нужные реквизиты (ставку НДС), и выбили чек. Соответственно, чек получился без НДС.
Что делать в случае такой ситуации? Выбитый чек надо как-то аннулировать, как это сделать?

(0)Поправлюсь, ордер расходный, то есть организация заплатила деньги покупателю за возвращенный товар..

Возможно, сделать чек расхода с такими же реквизитами и тоже без НДС, чтобы сторнировать сумму? А затем уже правильный чек прихода.