Есть типовая конфигурация, для нее написано расширение с добавленными справочниками и реквизитами документа. Сейчас необходимо обновить конфигурацию. Если расширение станет недоступным, или его совсем удалить из конфигурации, что станет с данными из расширения? Как это сделать без потери данных? И если удалить расширение, а потом добавить снова, данные исчезнут?

Если отключится (отвалится/сделается неактивным), данные должны сохраниться. Если удалить - данные удалятся.

спасибо

Не надо без острой необходимости в расширении добавлять объекты (справочники, документы, регистры) и реквизиты объектов. Короче - расширять данные.