В конфигураторе проставил период с 01.01.2021 по 01.01.2022
Смотрю в инстр. разработчика, а там старые значения 01.01.2020 по 01.01.2021.
Получается что есть два хранилища расписаний?

То, что выставляется в конфигураторе - используется по умолчанию, пока не настроено в информационой базе.

а как зачистить то что в базе?

ЕМНИП, если предопределнное, то никак - только установит новое расписание. Можешь попробовать установить Неопределено или пустое расписание, но не факт, что получится.

а зачем?
предопределенные это скорее атавизм уже