Хм. А в запрос всегда можно было передать массив массива массива?..

Не знал, что так работает:

Процедура ТестМассиваВЗапросе()

    Запрос = Новый Запрос;

    Запрос.Текст =
    "ВЫБРАТЬ ПЕРВЫЕ 1
    |    БанковскиеСчета.Ссылка КАК Ссылка
    |ИЗ
    |    Справочник.БанковскиеСчета КАК БанковскиеСчета";
    МассивТоваров = Запрос.Выполнить().Выгрузить().ВыгрузитьКолонку("Ссылка");

    Для Сч = 1 По 1000 Цикл
        МассивТоваров = ДобавитьВМассив(МассивТоваров);
    КонецЦикла;


    Запрос = Новый Запрос;
    Запрос.УстановитьПараметр("Массив", МассивТоваров);

    Запрос.Текст =
    "ВЫБРАТЬ
    |    БанковскиеСчета.Ссылка КАК Ссылка
    |ИЗ
    |    Справочник.БанковскиеСчета КАК БанковскиеСчета
    |ГДЕ
    |    БанковскиеСчета.Ссылка В(&Массив)";
    Выборка = Запрос.Выполнить().Выбрать();
    Пока Выборка.Следующий() Цикл
        Сообщить(Выборка.Ссылка);
    КонецЦикла;

КонецПроцедуры

Функция ДобавитьВМассив(ТекМассив)

    Массив = Новый Массив;
    Массив.Добавить(ТекМассив);

    Возврат Массив;

КонецФункции