Существует прямой обмен УТ 3.1 (для Украины) - БП 2.0  (на управляемых формах).  Тут наверное не важно какие именно конфиги.
Суть проблемы: как из него сделать обмен через файл.  В настройках изменил вариант обмена. указал каталог. Но. при обмене ругается. что в каталоге не обнаружен файл ни в ту ни в обратную сторону.
Попробовал сделать обмен - но мне гворит . что у вас уже есть такой узел для обмена  используйте существующую настройку.
Попробовал просто создать пустой файлик с нужным именем в каталоге - не помогает.

подскажите как с прямого изменить на файловый.

(0) коды узлов надо проверить, чтобы четко совпадали. При прямом обмене это было пофиг, поэтому вы там там накосячили с кодами. И еще там регистры сведений какие-то вроде были, где тоже соответствие узлов описывается.

у меня всего 2 узла БУ и ЦБ.  До этого прямой обмен нормально работал.

Тут не в узлах дело. Он при попытке выгрузить в файл пытается сначала прочитать файлик из второй базы (БУ) хотя его там его нет. Даже если создаю пустой  хмл с нужным именем. все равно на это ругается.

Если файлика нет, он не должен ругаться, если это центр. Значит, что-то не то. раньше была галка "выполнять выгрузку при ошибках". ПОищи
ПРойдись отладчиком

(2) в первый раз должен ругаться, не берите в голову.

Прогоните обмен 2 раза туда-сюда

да скорее всего (4),(5)  верно.   Из второй базы выгрузился файлик сам.