Стояла база на VipNet, получили на вторую сертификаты в налоговой, они оказались только для Крипто ПРО. Вопрос - возможно ли, чтобы оба провайдера нормально распознавали этих криптопровайдеров?

(0) нет
только на разных компах

Т.е. теперь две базы на компе - одна с сертификатами на VipNet, другая на Крипто ПРО.

(1)+ форматы криптоконтейнеров несовместимы, теоретически отдельные ключи можно переконвертить в одну вроде сторону, на практике никто не делает

(2) баз на компе может быть сколько угодно
оба криптопровайдера одновременно на одном компе работать не могут
если нет компов юзай виртуалки

(4)+ оба одновременно это в смысле без выбора основного и перезагрузки чтобы заработал