ВЫБРАТЬ
    Контрагенты.Ссылка КАК Ссылка,
    Контрагенты.Партнер КАК Партнер
ИЗ
    Справочник.Контрагенты КАК Контрагенты
ГДЕ
    Контрагенты.Партнер.Код = &Код


Если это находит больше одного контрагента, как правильно ещё задать связь, что бы отбирался один .

Выбрать первые 1

А тебе совсем неважно, какой из нескольких?

И вообще ты ищешь не по партнеру, а по коду партнера.