Есть две папки в СКД.

ДИ_ - "Документы Исполнения"
ДФ_ - "Документы Факта"

В каждой папке есть по полю с заголовком "Ссылка"

ДИ_.Ссылка
ДФ_.Ссылка

Как пользователю в поле-выражении указать конкретное поле?

Можно указать "Ссылка". Например:
Количество(Различные Ссылка)

Но тогда платформа сама возьмет то поле, которое захочет (скорее всего первое).

Но как указать конкретное?

Пробовал так:
Количество(Различные ДИ_.Ссылка)
Количество(Различные [ДИ_.Ссылка])
Количество(Различные [Документы Исполнения].Ссылка)
Количество(Различные [Документы Исполнения.Ссылка])
Количество(Различные [Документы Исполнения].[Ссылка])

Ничего не работает

Странно, у меня как раз только лишь вариант вида Количество(Различные [ДИ_.Ссылка]) и работает.
При условии что ДИ_.Ссылка это как раз заголовок поля.

ДИ_.Ссылка - это путь
Заголовок просто "Ссылка"

(2) В пользовательских полях указываются заголовки, не имена. Так что обеспечивай уникальность.

(3), заголовок полей уникален в рамках своей папки

(4) Я рад за него.
Можешь кинуть предложение на партнерку.