Как скопировать регистрацию из одного плана обмена в другой?
Скопируются ли изменения конфигурации, они хранятся в плане обмена?

Планы обмена идентичные, то есть нужно скопировать между элементами плана обмена

А что говорит СП по поводу регистрации объектов? Хоть что-то пытался сделать?

(0) "Скопируются ли изменения конфигурации, они хранятся в плане обмена?" - нет, не скопируются - они платформой автоматически регистрируются для планов обмена с отметкой "РИБ", пользователю нет необходимости/возможности их "копировать".

PS: регистрация изменений хранится в самих объектах, включенных в состав плана обмена; данные изменения конфигурации - в специальных служебных таблицах.