До 11.5 можно было сопоставить к нескольким карточкам поставщика одну номенклатуру.
Теперь получается
Пиво светлое пастеризованное фильтрованное "Крокодилы на Волге" код 0100000062960000002
Пиво светлое пастеризованное фильтрованное "Крокодилы на Волге" код 0300000391570000004

Нужно плодить номенклатуру хотя по сути это одинаковые позиции

кто как обходит

скорее всего разный производитель, раньше такое тоже встречалось

Что есть Карточка поставщика? Нет такого термина. Есть номенклатура контрагентов. Есть Классификатор алкогольной продукции (ЕГАИС).
Не совсем понятен вопрос - вы хотите сопоставить номенклатуру 1С и АП ЕГАИС?
Или Номенклатуру и Номенклатуру контрагентов?
Если вы сопоставите несколько АП с одной номенклатурой, то как будете выбирать АП в исходящей ТТН ЕГАИС?