Делаю запрос
    Запрос.Текст =
        "ВЫБРАТЬ
        |    ВЫБОР
        |        КОГДА ФизическиеЛицаКонтактнаяИнформация.Вид = ЗНАЧЕНИЕ(Справочник.ВидыКонтактнойИнформации.ТелефонФизическогоЛица)
        |            ТОГДА ФизическиеЛицаКонтактнаяИнформация.НомерТелефона
        |        ИНАЧЕ ""
        |    КОНЕЦ КАК НомерТелефона,
        |    ФизическиеЛицаКонтактнаяИнформация.Ссылка КАК ФЛСсылка
        |ПОМЕСТИТЬ втФЛ
        |ИЗ
        |    Справочник.ФизическиеЛица.КонтактнаяИнформация КАК ФизическиеЛицаКонтактнаяИнформация
        |ГДЕ
        |    ФизическиеЛицаКонтактнаяИнформация.НомерТелефона = &НомерТелефона
        |;
        |////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
        |ВЫБРАТЬ
        |    МАКСИМУМ(ВЫБОР
        |        КОГДА ФизическиеЛицаКонтактнаяИнформация.Вид = ЗНАЧЕНИЕ(Справочник.ВидыКонтактнойИнформации.EmailФизическогоЛица)
        |            ТОГДА ФизическиеЛицаКонтактнаяИнформация.АдресЭП
        |        ИНАЧЕ ""
        |    КОНЕЦ) КАК АдресЭП,
        |    ФизическиеЛицаКонтактнаяИнформация.Ссылка КАК ФЛСсылка,
        |    МАКСИМУМ(втФЛ.НомерТелефона) КАК НомерТелефона
        |ПОМЕСТИТЬ втФЛбезФИО

В отладчике смотрю и вижу

ВЫБРАТЬ
    ВЫБОР
        КОГДА ФизическиеЛицаКонтактнаяИнформация.Вид = ЗНАЧЕНИЕ(Справочник.ВидыКонтактнойИнформации.ТелефонФизическогоЛица)
            ТОГДА ФизическиеЛицаКонтактнаяИнформация.НомерТелефона
        ИНАЧЕ "
    КОНЕЦ КАК НомерТелефона,
    ФизическиеЛицаКонтактнаяИнформация.Ссылка КАК ФЛСсылка
ПОМЕСТИТЬ втФЛ
ИЗ
    Справочник.ФизическиеЛица.КонтактнаяИнформация КАК ФизическиеЛицаКонтактнаяИнформация
ГДЕ
    ФизическиеЛицаКонтактнаяИнформация.НомерТелефона = &НомерТелефона
;
////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
ВЫБРАТЬ
    МАКСИМУМ(ВЫБОР
        КОГДА ФизическиеЛицаКонтактнаяИнформация.Вид = ЗНАЧЕНИЕ(Справочник.ВидыКонтактнойИнформации.EmailФизическогоЛица)
            ТОГДА ФизическиеЛицаКонтактнаяИнформация.АдресЭП
        ИНАЧЕ "
    КОНЕЦ) КАК АдресЭП,
    ФизическиеЛицаКонтактнаяИнформация.Ссылка КАК ФЛСсылка,
    МАКСИМУМ(втФЛ.НомерТелефона) КАК НомерТелефона
ПОМЕСТИТЬ втФЛбезФИО"

Вопрос с каких это пор пробел окруженный кавычками равен переводу строки? Что за черт?

Вру не пробел а две кавычки.

экранирование, у тебя все пайпы ещё пропали - иди дописывай ))))

две кавычки внутри строкового литерала надо писать так: """"

(0) 2 кавычки это в конструкторе, в вашем случае должно быть 4.