(0) Нет, я так не делал, в том смысле что SQLITE_ENABLE_UPDATE_DELETE_LIMIT не выключал (зачем бы мне это понадобилось?).
(2) Предполагаю (почти уверен в этом, но проверять лень), что удалить из виртуальной CTE таблицы ничего нельзя, нужна реальная таблица.
P.S. sqlite из-за ультра компактности кода, жертвует комментариями ошибок (их описание может быть больше чем само ядро sqlite).
P.P.S. можно проверить в какой-то консоли для PostgeSQL, sqlite пытается соответствовать именно этому диалекту sql. ошибка видимо должна быть описана подробнее.