Никогда не работал с деревом значений, но вот пришлось разбираться. По условию задачи на упр форме элемента справочника/документа лежит дерево, пользователь его мышкой редактирует, и соответственно при записи дерево сохраняется в  справочнике, а при открытии формы подгружается. Не могу понять как это правильно делать? Загонять все строки дерева в табличную часть? Сохранять всё дерево в XML и хранить в текстовом реквизите документа? Ещё как-то?

(0)+ там ещё будут наверняка возникать доработки, соответственно наверное нужно сделать как-то так, чтобы в дерево можно было добавлять/удалять колонки, и при открытии ранее сохранённых элементов оно бы не падало

Дерево в табличную часть. При открытии читать и заполнять в виде дерева. При записи из дерева вытаскивать все и сохранять в плоской таблице. Там все довольно элементарно.

(0) Дерево значений - это древовидное представление таблицы значений. Соответственно да, хранить можно в табличной части.
При хранении в сериализованном виде не будет соблюдаться ссылочная целостность.