Собственно на:
1С:Предприятие 8.3 (8.3.25.1445) + БП 2.1
Работают тонкий и Веб клиенты

Используем НайтиПоСсылкам со ссылкой на договор контрагента
в результирующей ТЗ есть пустое значение типа Авансовый отчёт без всяких реквизитов (ГУИД полностью с 0, дата пустая, номера нет)
Обработка "Удаление помеченных объектов" - падает с ошибкой, т.к. не знает что делать с пустым авансовым отчётом, Стандартное удаление - тоже находит пустой Авансовый отчёт и договор не удаляет

ТИИ не считает ссылку битой и ничего с ней не делает.

Есть предположение, что Авансовый отчёт завалился в историю.
Но, на сколько я помню, история объектов не проверяется на наличие в ней ссылок при удалении.

Что-то изменилось в работе платформы? (ссылочная целостность проверяется в истории?)
Хотелось бы понимания: как лечить такие проблемы? (лезть в SQL и поискать там или есть какие-то штатные средства)

(0) Проверь регистры. Для регистров подчиненных регистратору в поиске ссылок будет отображаться регистратор, а не сам регистр.

Ещё последовательности, но по договорам вроде нет последовательностей в типовых

(1) это проверю, но с пустым регистратором запись не должна сохраняться
Хотя, при смене способа подчиненности, вполне, регистратор будет пустым

"Для регистров подчиненных регистратору" - вроде бы весь регистр перестраивается (таблица в скуле) при удалении типа. Кмк, проще в профайлере смотреть, чем гадать. Маловероятно, но может быть еще индекс кривой

(3) В нормальных условиях не должна. Но в режиме загрузки записать можно.
(4) Про удаление типа речи нигде не было

(4) Через ТИИ делалась реиндексация

Ничего не понял но так даже интереснее угадывать.
Как удалить пустую запись в регистре?

(3) Обменом могло прилететь, например записался движняк, а сам документ в последний момент в отлуп ушел.

(9) "ГУИД полностью с 0", если мне память не изменяет, означает пустую ссылку, что как-то плохо согласуется с Вашим предположением (иначе был бы эффект, подобный битой ссылке)

Похоже на битую ссылку регистратора.
Пробуй ИР. Он предлагает полный спектр инструментов для детального поиска ссылки в БД, в т.ч. на несуществующий объект.
Открывай "Редактор объекта БД", вставляй ссылку, активируй страницу "Ссылки на объект" - там увидишь стандартный результат НайтиПоСсылкам() и из него можно открывать редактор ссылающегося объекта с детальным указанием размещения ссылок внутри объекта.

(10) Если бы была стандартная битая ссылка, то и тему не создавал бы (сильно удивился когда получил пустой ГУИД от непонятной ссылки)
А так, последние волосся на лысине повылазят

(11) попробую