Для обмена КД3 сделан свой XDTO пакет EnterpriseData (для чего не спрашивайте).
Надо, чтобы обмен через универсальный формат использовал его, а не типовой пакет.*

Где это настраивается?

найди поиском в коде по имени рабочего пакета.

(0) "Безумству храбрых поем мы песню"...
Весь формат EnterpriseData был придуман для того чтобы не исправлять его кроме самой 1С, чтобы программисты не сломали его.

(0) модуль менеджера плана обмена СинхронизацияДанныхЧерезУниверсальныйФормат, процедура ПриПолученииНастроек.

Настройки.ФорматОбмена = "http://v8.1c.ru/edi/edi_stnd/EnterpriseData";

тут должен быть URL из вашего пакета

Как минимум нужно менять менеджер обмена, ведь он заточен под текущий пакет