Очень часто после очередного типового обновления пропадают или перемещаются в другое место задействованные в своих доработках функции и процедуры общих модулей.
Синтаксический контроль почему-то такие проблемы не видит, или я что-то не знаю, может есть в конфигураторе такой контроль?
Кто как борется с этой бедой?

Копируйте эти функции в свои модули. Не надейтесь на типовые

(0) Почему не видит? В конфигураторе Проверка конфигурации - Синтаксический контроль - галочка "Расширенная проверка". Там много лишнего, конечно, но нужную инфу отфильтровать можно.

зы: И, для каждого расширения контекст проверки свой, поэтому расширения таким же образом отдельно нужно проверять (т.е. если просто с активным деревом основной конфигурации зайти в меню Конфигурация, то расширения не учитываются).

(1) Копировать в свои модули можно, но есть большая проблема.
Когда используешь типовую функцию, то поддержка правильности ее работы полностью лежит на разработчиках 1с.
Типовая функция может сильно поменять логику работы и тогда можно столкнуться с еще большей проблемой и потратить еще больше времени на приведение скопированной в свой модуль функции к правильной логике.

(0) по идее, по стандартам БСП разрешено у себя использовать только область программный интерфейс.
https://its.1c.ru/db/v8std/content/455/hdoc
Раздел «Программный интерфейс» содержит экспортные процедуры и функции, предназначенные для использования другими объектами конфигурации или другими программами (например, через внешнее соединение).

другое дело, что разработчики грешат переименованием самих модулей, с этим бороться, наверное, только автотестами можно

(0) Глобальный поиск по наименованию "пропавшей" процедуры/функции, с надеждой что её переместили, а не переименовали.

Если свободно ориентируешься в своей конфигурации, то можно глянуть типовой алгоритм, где эта процедура/функция используется - как сейчас и откуда она теперь вызывается.

PS: а по поводу контроля... наверное вот тут чего-то не хватает :)
https://forum.infostart.ru/upload/forum/upload/ea5/ea5d61a9a76745d4046f0e134ff30f8e.jpg
Например, галочки у "Включая расширенную проверку"

(2) (5) Спасибо за наводку!
В конфигураторе Проверка конфигурации - нужна галочка "Расширенная проверка"

Запускать после каждого обновления доработанной типовой конфигурации, если в доработках используются типовые функции и процедуры, которые могут пропасть/переместиться разработчиками типовой