Выполняю запрос к табличной части Запасы документа ЗаказНаПроизводство и к таблице ЦеныНоменклатурыСрезПоследних регистра сведений ЦеныНоменклатуры с отбором по ВидуЦен. Внутреннее соединение по Номенклатуре. В результате запроса получаю три поля: ЗаказНаПроизводствоЗапасы.Ссылка.ЗаказПокупателя, СуммаЗатратПлан, КоличествоЗатратПлан

СуммаЗатрат план Считается как Цена (из регистра) * КоличсетвоЗатратПлан.

При это Количество считает верно, а сумма кратно увеличивается (даже если в ТЧ документа одна строка).

Где искать ошибку?

(0)

Вопрос риторический, где искать ошибку?
-- в голове
-- в тексте запроса

Как искать ошибку
-- максимально упростить запрос
-- сделать отбор по одному документу ЗаказНаПроизводство
-- убрать группировки
-- посмотреть в консоле на результат запроса.

Обычно этого хватает, чтобы понять "что происходит"

Если не помогло - показать текст запроса в сообщении

(0) в запросе (ваш кэп)

сверить - что есть в документе и что есть в РС, проверить условия соединения

Начать с того что найти четвертое поле.
"Номенклатура".
С ним как обошлись?
Фильтра на срез последних (не упомянут= нет?).
Как с табличной частью документа обошлись?

Цену не правильно сворачиваете из регистра сведений.
Структура регистра и ваши отборы, свертки нужны.