Собственно дело в чем.
Если выполнить эту команду и в базе есть объекты измененные расширениями, то допустим она показывает, что есть документ _Document1108X1 - типовой носил имя _Document1108
А у документа есть индекс _Document1108X1_1
Ты такой развеселый лезежь в скуль, а там у документа нет такого индекса... Но есть _Document1108_1X1
Пилю обработку по работе с индексами, анализ, реиндексация все дела и тут такая фича, обработка ноги сломала.
Есть нормальное объяснение почему такой прикол?

Попробуй реструктуризацию расширения сделать

Куча идей для тестирования:

Если добавить еще одно расширение и там с индексами поиграться?
Если первое отключить, добавить его еще раз уже третьим (что будет с первыми двумя в структуре и SQL)?
Удалить расширение, заново добавить, постфикс будет также отличаться?
Самому добавить дополнительные индексы в конфигураторе (КОРП режим).

(1) зачем? База работает прекрасно. Обращения к данным идут без проблем.
Имена индексов в самой СУБД корректны.
Они такие же как и у прочих объектов.
_ИмяНомер - типовые
_ИмяНомерXНомер - если расширения есть на объекте

И только лишь указанная функция как по мне фирмой 1С криво написана. Попутали местами вывод этих XНомер