Что проверить ?
протокол работы пользователей, не записывается у справочника вида документа изменения

чё?

(1) Протокол работы записывает историю взаимодействия с объектом и она пустая. У остальных документов и справочников протокол работы заполняется в конфигурации документооборота.

А у элемента справочника вид документа, протокол работы пустой

(2) значит не предусмотрели разработчики. Допишите

(0)(2)Вам не очень удаётся внятно сформулировать проблему.