Конфа на основе БСП 3.1 с нуля. Для понимания как это всё работает
Добавил раздел, но в настроках "Указывать дату запрета" только "Общая дата" и "По объектам".
Где может быть затык?

(0) визуально верно, у меня в ERP свои разделы штатно дорисовываются
Раздел = Разделы.Добавить();
    Раздел.Имя  = "АиБ_МаркшейдерскийЗамер";
    Раздел.Идентификатор = Новый УникальныйИдентификатор("ef8e67ef-dbb9-4d6a-a1f1-ae345af4e231");
    Раздел.Представление = НСтр("ru = 'Маркшейдерский замер (производственные документы)'");
    Раздел.ТипыОбъектов.Добавить(Тип("СправочникСсылка.СтруктураПредприятия"));
    
    Раздел = Разделы.Добавить();
    Раздел.Имя  = "АиБ_МаркшейдерскийЗамер_ПутевыеЛисты";
    Раздел.Идентификатор = Новый УникальныйИдентификатор("849a80d2-91fa-4217-ab39-c4571965d240");
    Раздел.Представление = НСтр("ru = 'Маркшейдерский замер (путевые листы)'");
    Раздел.ТипыОбъектов.Добавить(Тип("СправочникСсылка.СтруктураПредприятия"));

    Раздел = Разделы.Добавить();
    Раздел.Имя  = "выс_ГорныйПередел";
    Раздел.Идентификатор = Новый УникальныйИдентификатор("fc9a510b-dd59-11e9-8730-ac220bda918f");
    Раздел.Представление = НСтр("ru = 'ГорныйПередел'");
    Раздел.ТипыОбъектов.Добавить(Тип("СправочникСсылка.СтруктураПредприятия"));

Вот как бы так всё и осталось.
Как алгоритм понимает что есть разделы и не удаляет из списка выбора так и не пойму.

Вот тут магия.
Всё с формы, а вот заполнение хз.
БезРазделовИОбъектов = Ложь
ПоказыватьРазделы = Ложь

(3) у ПВХ есть свой кусок кода:

// Возвращаемое значение:
//  ФиксированнаяСтруктура:
//    * БезРазделовИОбъектов - Булево
//    * ВсеРазделыБезОбъектов - Булево
//    * ЕдинственныйРаздел - ПланВидовХарактеристикСсылка.РазделыДатЗапретаИзменения
//    * ПоказыватьРазделы - Булево
//    * Разделы - ФиксированноеСоответствие из КлючИЗначение:
//        ** Ключ - Строка
//        ** Значение - ФиксированнаяСтруктура:
//             *** Имя - Строка
//             *** Представление - Строка
//             *** Ссылка - ПланВидовХарактеристикСсылка.РазделыДатЗапретаИзменения
//             *** ТипыОбъектов - ФиксированныйМассив
//    * РазделыБезОбъектов - ФиксированныйМассив
//
Функция СвойстваРазделовДатЗапрета() Экспорт

Наконец-то пришло осознание.
В алгоритме идет проверка на количество разделов их дожно быть более одного и тогда "ПоказыватьРазделы" = Истина.
1. Докинул ещё раздел в коде
2. Вот тут идёт проверка для дальнейшего заполнения формы запретов

(5) всё верно
ЕдинственныйРаздел

Вот никто не описывал, что такая особенность.

(7) ну да, в БСП таких фич не мало
при наличии типовой разруливается за часы