Ловлю исключение:

Ошибка проверки данных XDTO:
Структура объекта '/ДанныеНоменклатуры/Номенклатура' не соответствует типу: {http://v8.1c.ru/edi/edi_stnd/EnterpriseData/1.8}КлючевыеСвойстваНоменклатура
Проверка свойства 'Группа':
    форма: Элемент
    имя: {http://v8.1c.ru/edi/edi_stnd/EnterpriseData/1.8}Группа
    тип: {http://v8.1c.ru/edi/edi_stnd/EnterpriseData/1.8}КлючевыеСвойстваНоменклатураГруппа
Не установлено значение одного из следующих свойств: Наименование

Беру ОбъектXDTO, на котором падает ОбъектXDTO.Проверить(), выгружаю в текст XML и там у всех номенклатур заполнены наименования.

Кто сталкивался, куда копать?

см. Группа номенклатуры, наименование

(1) В ОбъектXDTO выгружается как <Группа>, а в ней вложенные <Ссылка>, <Наименование>, <КодВПрограмме>, <Группа> (вышестоящая группа).

Все реквизиты заполнены, включая наименование группы номенклатуры и аналогично её родителя.

Не уверен, что я правильно вас понял.

Ну и падает только на одном из тысяч документов, т.е. есть вероятность, что проблема скорее на стороне данных.

Пытайтесь понять не меня, а платформу, точнее правила конвертации